foobar2000の変換のためのエンコーダーファイルのパスは、どこに保存されてるかと思ったら、

Preferences -> Advanced
Tool -> Converter -> Additional command-line encoder path

に、以下のようにセミコロン区切りで保存されていた。

C:\Program Files\foobar2000\lame3.98.2\;C:\Program Files\foobar2000\flac\;C:\Program Files\foobar2000\wavpack-4.60.1\;C:\Users\Arimasou16\AppData\Roaming\foobar2000\tool\lame3.98.2\;C:\Users\Arimasou16\AppData\Roaming\foobar2000\tool\aac\;C:\Users\Arimasou16\AppData\Roaming\foobar2000\tool\flac

Program Filesのパスがあるのは、旧バージョンからアップデートして使っているので、その名残だろう。今回Windows用の1.3.1バージョンのflac.exeを落してきたので、不要なパスを削除するとともに以下のようにした。

C:\Users\Arimasou16\AppData\Roaming\foobar2000\tool\lame3.98.2\;C:\Users\Arimasou16\AppData\Roaming\foobar2000\tool\aac\;C:\Users\Arimasou16\AppData\Roaming\foobar2000\tool\flac-1.3.1-win

特に何の確認ダイアログも出ることなく、エンコードできた。